ماده واحده: به منظور تنقیح وظایف شورای عالی حوزه‌های علمیه و تدوین و توزیع وظایف و اختیارات مراکز وابسته، شرح وظایف شورای عالی حوزه‌های علمیه، به شرح ذیل مورد تصویب قرار گرفت: ^[1]

تعیین اهداف و ‌سیاست‌های کلان حوزه‌های علمیه؛

تهیه و تدوین سند راهبردی حوزه‌های علمیه؛

سیاست­گذاری در زمینه

1 ـ 3) توسعه آموزش و واحدهای آموزشی حوزوی در تمامی مقاطع تحصیلی و رشته­ها در حوزه‌های علمیه،

2 ـ 3) توسعه پژوهش و واحدهای پژوهشی حوزوی در حوزه‌های علمیه،

3 ـ 3) برنامه‌ریزی درسی و تدوین متون آموزشی،

4 ـ 3) توسعه پژوهش‌های بنیادین و کاربردی در حوزه دین متناسب با نیازهای حوزه‌های علمیه،‌ نظام اسلامی و جهان اسلام،

5 ـ 3) تربیت نیروی انسانی برای استنباط در علوم حوزوی (خصوصاً فقه)، تدریس، پژوهش، تالیف و تبلیغ و دیگر نیازهای نظام اسلامی،

6 ـ 3) جذب، گزینش، ارزشیابی تحصیلی، مدارک تحصیلی طلاب ایرانی و غیر ایرانی و ظرفیت پذیرش حوزه‌های علمیه و واحدهای آموزشی و پژوهشی حوزوی،

7 ـ 3) شناسایی، جذب، رشد و شکوفایی و حمایت از استعدادهای برتر و نخبگان حوزوی و بهره­گیری از توانمندی‌های آنان،

8 ـ 3) ارتقاء سطح معنوی، اخلاقی، رفتار اسلامی و زیّ ‌طلبگی حوزویان و خانواده‌های آنان،

9 ـ 3)‌ افزایش آگاهی­های سیاسی و اجتماعی حوزویان،

10 ـ 3) راهنمایی و مشاوره به حوزویان و خانواده­های آنان،

11ـ 3) تقویت پیوند اساتید با طلاب حوزه علمیه،

12 ـ 3) تقویت و تعمیق رویکرد دینی در علوم انسانی و تولید نظام‌های معرفتی متناسب با آن،

13 ـ 3) تقویت تعامل حوزه‌های علمیه با نهادهای علمی ـ فرهنگی ملی و بین‌المللی با تأکید بر گفتگوهای علمی، ‌تقریبی و بین ادیانی،

14 ـ‌3) کارآمدی و هماهنگی نظام تبلیغ دینی،

15 ـ‌3)‌ ساماندهی تولید و عرضه محصولات علمی و فرهنگی حوزوی،

16 ـ 3) احیاء، نگهداری و معرفی میراث حوزه‌های علمیه،

17 ـ 3) حفظ و گسترش آمادگی‌های دفاعی حوزه‌های علمیه و تصویب برنامه‌های آن،

18 ـ 3) جلوگیری از نفوذ اجانب و وابستگی به جریانات منحرف،

19 ـ 3) تأسیس و اداره تشکل‌های حوزوی طلاب و اساتید،

20 ـ 3) مشارکت حوزه در تدوین نظام جامع فرهنگی و آموزش دینی کشور،

21 ـ 3) برنامه‌های بلندمدت، میان مدت و کوتاه‌مدت مراکز وابسته و تخصیص بودجه سالیانه و نظارت بر حسن اجرای آن،

22 ـ 3) بررسی و رصد حوادث و رخدادهای اعتقادی، اجتماعی و فرهنگی مربوط به حوزه علمیه و اتخاذ تصمیم مناسب،

23 ـ 3) ارتباط با مراکز تأثیرگذار در سیاست‌های کلان حوزه به منظور انعکاس دیدگاه‌های شورای عالی،

24 ـ  3)  صیانت از کیان حوزه‌های علمیه به عنوان نهاد علمی دین محور، ریشه‌دار، متمایز و برخوردار از الگوی مطلوب و قابل ارائه،

25 ـ 3) تأمین منابع و امکانات برای حفظ استقلال مالی حوزه و نظارت بر درآمدهای آن؛

بررسی و تصویب

1 ـ 4) نظام جامع آموزشی، پژوهشی، تبلیغی، تهذیبی و تربیتی، اداری مالی، خدماتی و معیشتی، فناوری اطلاعات، عمرانی و امور صیانتی حوزه‌های علمیه،

2 ـ 4) مواردی که از سوی شوراهای اقماری شورای عالی جهت تصمیم‌گیری به شورای عالی ارجاع می‌شود،

3 ـ 4)  برنامه‌های لازم برای استفاده بهینه از توانمندی‌های فضلاء، محققان، اساتید، مبلغان (مانند مبلغان طرح هجرت) و دانش‌آموختگان حوزوی،

4 ـ 4) برنامه‌های سازماندهی پرداخت شهریه برای پیشنهاد به مراجع عظام و مقام معظم رهبری ^{دامت برکاتهم}،

5 ـ 4) ساختار، شرح وظایف و ‌سازمان نفرات مراکز وابسته به شورای عالی،

6 ـ 4) مقررات اداری و استخدامی خاص و بکارگیری نیروی انسانی مراکز وابسته به شورای عالی و اساتید و پژوهشگران،

7 ـ 4) آئین­نامه مالی و معاملاتی حوزه علمیه و نظارت بر حسن اجرای آن،

8 ـ 4) تقویم تعطیلات سالانه حوزه و ضوابط تعطیلات اضطراری،

9 ـ 4) کلیه قوانین، مقررات و آیین‌نامه‌های اساسی؛

تبصره: کلیه قوانین و مقررات و آیین‌نامه‌های اساسی باید دارای ویژگی‌های زیر ‌باشد:

منجر به تغییر سیاست‌ها و مصوبه‌های شورای عالی شود،

موجب ایجاد یا حذف بخش مهمی از سازمان مصوب شود،

گستره سازمانی و اجرایی آن فراگیر باشد،

اثر حقوقی تعیین‌کننده داشته باشد،

متضمن بار مالی سنگین باشد؛

تعیین دبیر اول، دبیر دوم و مسئول دبیرخانه شورای عالی؛

نصب، عزل و قبول استعفای مدیر مرکز مدیریت حوزه‌های علمیه؛

تأیید قائم مقام، معاونان، مسئول مرکز امور صیانتی، مسئول رسانه و مدیران استانی پیشنهادی مدیر مرکز مدیریت حوزه‌های علمیه؛

تعیین اعضای شوراهای اقماری شورای عالی و نمایندگان شورا در مجامع مختلف؛

ارزیابی از اجرای نظام‌های جامع، مذکور در بند چهارم، و نظارت بر مرکز مدیریت، واحدهای آموزشی و پژوهشی و انجمن‌ها و قطب‌های علمی؛

نظارت و پیگیری مستمر اجرای صحیح مصوبات شورای عالی؛

تفسیر مواد اساسنامه شورای عالی و سیاست‌های ابلاغی؛

تصویب آیین‌نامه داخلی شورای عالی؛

 ارائه گزارش به مقام معظم رهبری و مراجع عظام تقلید ^{دامت برکاتهم}.